Сюжет:

Действие игры происходит в условном настоящем времени, в Манхэттене, заражённом вирусом "BlackLight", превращающим население в мутантов.

Алекс Мерсер приходит в себя в морге корпорации "GENTEK", но не помнит ничего о своей прошлой жизни, кроме своего имени. Выйдя на улицу, Мерсер сталкивается с солдатами, которые пытаются его убить. Убежав от преследователей, главный герой попадает на улицы города, погружённого в хаос военных действий, развёрнутых военными силами США, при поддержке специального подразделения «Черная стража». Вскоре Мерсер обнаруживает, что он обладает способностью к поглощению всех, кого убивает вместе с их памятью и обликом, которые становятся частью его самого. Также, Алекс получил сверхчеловеческие способности, например огромную силу и способность к регенерации тканей и органов. Пользуясь этим Алекс пытается разобраться, что же произошло с ним и кто виновен в заражении целого города.

В процессе протагонист узнает подробности проекта "Altruistic" (позже переименованный на "Blacklight").Он узнает, что в 1969 году в городке Hope Idaho испытывали некий вирус для повышения физических возможностей человека. Но что то пошло не так. Весь городок подвергся заражению. Выжил только один человек, Элизабет Грин. Позже протагонист узнает, что особая генная структура Грин изменила сам вирус и превратила её в мутанта (лидера среди всех прочих). И что она родила ребенка, которым оказался капитан Кросс. Этот вирус стал основным проектом компании "GenTech". Элизабет становится главным подопытным. Алекс Мерсер состоял в главной экспериментальной группе по исследованиям вируса 'Blacklight'.К концу игры Алекс узнает, что он сам стал причиной заражения всего Манхэттена. Что это он разбил колбу со штаммом, после чего был застрелен солдатами и как таковой умер. Вирус скопировал структуру тела Алекса. Сам протагонист - это чистейший штамм вируса с обликом Мерсера и малой частичкой его воспоминаний.К этому моменту спецподразделение «BlackWatch» осознаёт свою неспособность противодействия вирусу внутри города и подготавливает атомную бомбу для уничтожения Манхэттена, Алекс мешает проведению операции и убивает всех главных героев, причастных к созданию вируса, в том числе генерала (который организовал ядерную атаку, и был причастен к уничтожению Hope Idaho) и капитана Кросса (который оказался мутантом почти таким же как Грин и Мерсер).

Финал игры остаётся открытым. Алексу удается сбросить бомбу на достаточном расстоянии от города, но при этом все мутанты остаются целыми и хаос в городе продолжается.