Окадзима Рокуро, мелкий японский служащий крупной токийской компании, был отправлен в заморскую командировку с целью доставки некоего диска. В Южно-Китайском море пираты, нанятые русской мафией, захватывают его корабль, чтобы выкрасть секретную информацию, содержащуюся на диске. Самого Рокуро пираты после штурма берут в заложники в надежде получить за него выкуп с его компании. Но захваченная информация оказывается настолько компрометирующей, что компания решает уничтожить и пиратов, и Окадзиму, чтобы «замести следы». Чудом оставшись в живых, Рокуро (или Рок, как назвал его Датч), решает присоединиться к похитившим его пиратам и становится матросом на торпедном катере «Чёрная лагуна».

Корабль принадлежит маленькой, но хорошо известной компании по доставке грузов «Лагуна», которой «иногда приходится нарушать закон». Её офис расположен в вымышленном городе Roanapur в Таиланде, криминальной столице Юго-Восточной Азии. В бухте города расположена статуя Будды, а над единственным сухопутным въездом висит петля, чтобы «вешать чужаков», которые, не подумав, придут в город. Наиболее тесные отношения курьерская служба поддерживает с могущественной группировкой русской мафии «Отель Москва», но готова сотрудничать с любым, кто предложит достаточную сумму.